• Git y GitHub para el usuario de R
  • Un desarrollo continuo
  • 1 ¿Por qué Git? ¿Por qué GitHub?
    • 1.1 ¿Por qué Git?
    • 1.2 ¿Por qué GitHub?
    • 1.3 ¿Dolerá?
    • 1.4 ¿Cuál es la recompensa?
    • 1.5 ¿Quién puede hacer qué?
    • 1.6 Características especiales de GitHub
    • 1.7 ¿Qué hay de especial en usar R con Git y GitHub?
    • 1.8 Audiencia y pre-requisitos
    • 1.9 Qué NO es esto
  • 2 Contribuyentes
  • 3 Talleres
    • 3.1 Configuración previa al taller
    • 3.2 rstudio::conf 2018
    • 3.3 satRday Cape Town 2017
    • 3.4 rstudio::conf 2017
    • 3.5 CSAMA 2016: Statistical Data Analysis for Genome Biology
    • 3.6 useR! 2016 Stanford
  • I Instalación
  • 4 El dolor de la instalación
    • 4.1 Del éxito y los sistemas operativos
  • 5 Regístrese en una cuenta de GitHub
    • 5.1 Consejo sobre el nombre de usuario
    • 5.2 Repositorios privados gratuitos
    • 5.3 Pagar por repositorios privados
  • 6 Instale o actualice R y RStudio
    • 6.1 Más acerca de R y RStudio
  • 7 Instale Git
    • 7.1 ¿Git ya está instalado?
    • 7.2 Windows
    • 7.3 Mac OS
    • 7.4 Linux
  • 8 Preséntesele a Git
    • 8.1 Más acerca de git config
      • 8.1.1 Configure el editor de git
  • 9 Instale un cliente de Git
    • 9.1 Qué y Por qué
    • 9.2 Una imagen vale más que mil palabras
    • 9.3 Clientes recomendados de Git
  • II Conéctese a Git, GitHub, RStudio
  • 10 Conéctese a GitHub
    • 10.1 Haga un repositorio en GitHub
    • 10.2 Clone el repositorio a su computador local
    • 10.3 Haga un cambio local, hágale commit, y dele push para subirlo
    • 10.4 Confirme el cambio local extensivamente al GitHub remoto
    • 10.5 ¿Realmente va a escribir el nombre de usuario y la contraseña de GitHub cada vez que haga push?
    • 10.6 Limpieza
  • 11 Credenciales en caché para HTTPS
    • 11.1 Comience con un repositorio de prueba
    • 11.2 Compruebe que su Git es lo suficientemente nuevo como para tener un ayudante de credenciales
    • 11.3 Activar el ayudante de credenciales
      • 11.3.1 Active un requerimiento de usuario / contraseña
  • 12 Configure claves para SSH
    • 12.1 Claves SSH
      • 12.1.1 Esquema y consejos de SSH
      • 12.1.2 ¿Ya tiene claves?
    • 12.2 Configuración desde RStudio
    • 12.3 Configuración desde el shell
    • 12.4 Cree un par de claves SSH
      • 12.4.1 Opción 1: Configuración desde RStudio
      • 12.4.2 Opción 2: Configuración desde el shell
      • 12.4.3 Agrege una clave al agente ssh
    • 12.5 Proporcionar una clave pública a GitHub
      • 12.5.1 De RStudio al portapapeles
      • 12.5.2 Del Shell al portapapeles
      • 12.5.3 En GitHub
    • 12.6 Solución de problemas
      • 12.6.1 HTTPS vs SSH
      • 12.6.2 git2r – o alguna otra herramienta – no puede encontrar las claves SSH en Windows
      • 12.6.3 Otros
  • 13 Conecte RStudio con Git y GitHub
    • 13.1 Prerequisitos
    • 13.2 Haga un nuevo repositorio en GitHub
    • 13.3 Clone el nuevo repositorio GitHub en su computadora a través de RStudio
    • 13.4 Haga cambios locales, guarde, haga commit
    • 13.5 Haga Push a sus cambios locales en línea a GitHub
    • 13.6 Confirme el cambio local extendiéndolo al GitHub remoto
    • 13.7 ¿Se le pidió el nombre de usuario y la contraseña de GitHub?
    • 13.8 Limpieza
  • 14 Detectar Git desde RStudio
    • 14.1 ¿Tiene un problema?
    • 14.2 Encuentre a Git usted mismo
    • 14.3 Dígale a RStudio dónde encontrar a Git
  • 15 El infierno de RStudio, Git, GitHub
    • 15.1 Creo que he instalado Git pero ¡diablos! si pudiera encontrarlo
    • 15.2 El panel de Git de RStudio desaparece en Mac OS
    • 15.3 PATH disfuncional
    • 15.4 Botones Push/Pull atenuados en RStudio
    • 15.5 No tengo idea si mi repositorio local y mi repositorio remoto están conectados.
    • 15.6 Falla en el push a nivel de RStudio
    • 15.7 Push rechazado, i.e. falla a nivel Git/GitHub
    • 15.8 RStudio no está haciendo disponibles ciertos archivos para staging/committing
    • 15.9 Se rumora que tiene algún repositorio de Git dentro de otro repositorio de Git
  • III Uso prematuro de GitHub
  • 16 Proyecto nuevo, primero GitHub
    • 16.1 Haga un repositorio en GitHub
    • 16.2 Nuevo proyecto de RStudio via git clone
    • 16.3 Haga cambios locales, guarde, haga commit
    • 16.4 Haga push de sus cambios locales a GitHub
    • 16.5 Confirme el cambio local extendido al control remoto de GitHub
    • 16.6 Hacer un cambio sobre GitHub
    • 16.7 Pull desde GitHub
    • 16.8 Finalmente
  • 17 Proyecto existente, primero GitHub
    • 17.1 Haga un repositorio en GitHub
    • 17.2 Nuevo proyecto de RStudio vía git clone
    • 17.3 Traiga su proyecto existente
    • 17.4 Stage y commit
    • 17.5 Haga push de sus cambios locales a GitHub
    • 17.6 Confirme el cambio local extendido al control remoto GitHub
    • 17.7 Finalmente
  • 18 Proyecto existente, GitHub luego
    • 18.1 Hacer o verificar un proyecto de RStudio
    • 18.2 Hacer o verificar un repositorio de Git
    • 18.3 Stage y commit
    • 18.4 Hacer un repositorio en GitHub
    • 18.5 Conectarse a GitHub
    • 18.6 Confirme el cambio local extendido al control remoto GitHub
    • 18.7 Finalmente
  • IV Flujos de trabajo
  • 19 Ensayo de prueba con R Markdown
    • 19.1 Hello World
    • 19.2 Haga push a GitHub
    • 19.3 Formato de salida
    • 19.4 Haga push a GitHub
    • 19.5 Póngale su sello
    • 19.6 Haga su informe
    • 19.7 Publique su reporte
    • 19.8 HTML en GitHub
    • 19.9 Resolución de problemas
  • 20 Compilar un script de R
    • 20.1 Transforme un R Markdown en un script de R compilable
    • 20.2 Escriba un script en R listo para compilar
  • 21 Hacer un repositorio navegable en GitHub
    • 21.1 Conozca sus archivos
    • 21.2 Traiga sus archivos complicados: haciendo commit a productos derivados
    • 21.3 Markdown
    • 21.4 README.md
    • 21.5 Encontrando cosas
    • 21.6 HTML
    • 21.7 Código fuente
    • 21.8 Archivos delimitados
    • 21.9 PNGs
    • 21.10 Vinculación a un archivo ZIP del repositorio
    • 21.11 Enlaces y figuras incrustadas
    • 21.12 Permita que la gente lo corrija en internet
  • 22 Comandos en Git
  • V Instrucciones del tutorial
  • 23 Clonar un repositorio
  • 24 Haga Fork a un repositorio
    • 24.1 Fork luego clone
    • 24.2 Fork y pull
    • 24.3 Actualizando su fork
    • 24.4 Actualizar su fork
  • 25 Crear un tarjeta de bingo
  • 26 Quemarlo todo
  • 27 Restableciendo
  • 28 Buscar en GitHub
    • 28.1 Recursos básicos
    • 28.2 Caso de uso
  • VI Más
  • 29 Notas
    • 29.1 Preguntas comunes sobre el flujo de trabajo
      • 29.1.1 Problemas comunes y cómo recuperarse / evitarlas
      • 29.1.2 Mantener algo fuera de Git
      • 29.1.3 No quería hacerle commit a eso
    • 29.2 git stuff
    • 29.3 La repetida enmienda
    • 29.4 Recuperación de desastres
    • 29.5 Emplear código en R en GitHub
    • 29.6 Flujo de trabajo y psicología
    • 29.7 Cómo funcionan los enlaces de corchetes
  • VII Aula
  • 30 Ejecutar un curso con GitHub
    • 30.1 Beneficio
    • 30.2 Configuración para el estudiante STAT 545
    • 30.3 El flujo de tareas
    • 30.4 GitHub como sistema de gestión de cursos
      • 30.4.1 Usar una GitHub Organization
      • 30.4.2 GitHub Pages para el sitio web del curso
      • 30.4.3 Repositorios privados específicos para estudiantes
  • Apéndice
  • A El shell
    • A.1 ¿Qué es el shell?
    • A.2 Comenzar en el shell
    • A.3 Usar el shell
    • A.4 Nota para usuarios de Windows
  • B Tokens de acceso personal a GitHub
    • B.1 GitHub API
    • B.2 ¿Cómo autenticarse usted mismo?
    • B.3 Paso a paso
    • B.4 Una nota sobre seguridad
    • B.5 Por que .Renviron en vez de la configuración por bash?
  • C Alivio cómico
  • D References
    • D.0.1 Recursos
  • E Glosario
    • E.1 Terminología
    • E.2 Comandos
  • Publicado con bookdown

Git y GitHub para el usuario de R

28 Buscar en GitHub

28.1 Recursos básicos

Búsqueda en GitHub

  • https://github.com/search/advanced
  • https://help.github.com/articles/searching-code/
  • https://help.github.com/articles/search-syntax/

Espejo de solo lectura de código fuente en R por Winston Chang:

  • https://github.com/wch/r-source

Espejo de solo lectura de todos los paquetes en el CRAN por Gábor Csárdi:

  • https://github.com/cran
  • http://cran.github.io
  • METACRAN

28.2 Caso de uso

¿Qué pasa si una función de un paquete no tiene ejemplos? ¿O hay un mal ejemplo? ¿No sería bueno encontrar ejemplos de funcionamiento de la misma “en la naturaleza”?

Via Twitter, Noam Ross enseña una manera inteligente de hacer esas búsquedas en GitHub. Ponga esto en el cuadro de búsqueda de GitHub para ver cómo los paquetes en CRAN usan la función llply() de plyr:

"llply" user:cran language:R

O simplemente haga click aquí.

Otro ejemplo que surgió recientemente en r-package-devel:

¿Cómo ver muchos ejemplos de plantillas de roxygen?

Esta búsqueda encuentra más de 1400 ejemplos de plantillas de roxigen en estado salvaje:

https://github.com/search?utf8=✓&q=man-roxygen+in%3Apath&type=Code&ref=searchresults