5.4 IDE RStudio

Se recomienda actualizar su RStudio IDE si su versión es inferior a 1.0.0. Como se mencionó en la sección 1.3, todos los archivos R Markdown deben ser codificados en UTF-8. Esto es importante sobre todo cuando sus archivos contienen caracteres de varios bytes. Para guardar un archivo con la codificación UTF-8, puede utilizar el menú Archivo -> Guardar con Encoding, y elija UTF-8.

Cuando se hace click en el botón knit para compilar un documento R Markdown en el IDE RStudio, la función por defecto llamada por RStudio es rmarkdown::render(), que no es la que se quiere para los libros. Para llamar a la función bookdown::render_book() en lugar de la anterior, se puede establecer el campo site a bookdown::bookdown_site en los metadatos YAML del documento R Markdown llamado `index.Rmd, por ejemplo,

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title: "Un libro chévere"
knit: bookdown::render_book
output:
  bookdown::gitbook: default
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Cuando haya configurado site:bookdown::bookdown_site enindex.Rmd, RStudio será capaz de encontrar el directorio como un directorio de origen del libro,11 y verá una botón Build Book en el panelBuild. Puede hacer clic en el botón para construir todo el libro en diferentes formatos, y si hace clic en el botón Knit en la barra de herramientas, RStudio va a obtener una vista previa de forma automática del capítulo actual, sin tener que usar preview_chapter() explícitamente.

El paquete bookdown viene con unos pocos addins para RStudio. Si no está familiarizado con los addins de RStudio, es posible echarle un vistazo a la documentación en http://rstudio.github.io/rstudioaddins/. Después de haber instalado el paquete bookdown y utilizar RStudio v0.99.878 o versiones anteriores, verá un menú desplegable en la barra de herramientas denominado “Complementos” y elementos en el menú tales como “Preview Book” y “Input LaTeX Math” después de abrir el menú.

El complemento “Preview Book” llama a bookdown::serve_book() para compilar y presentar el libro. Se bloqueará la sesión actual de R, es decir, cuando serve_book() se esté ejecutando, no se podrá ejecutar ninguna operación en la consola de R. Para evitar el bloqueo de la sesión de R, se puede demonizar el servidor usando bookdown::serve_book (daemon = TRUE). Tenga en cuenta que este complemento debe ser usado cuando el documento actual abierto en RStudio esté bajo el directorio raíz de su libro, de lo contrario serve_book() puede que no encuentre el origen del libro.

El complemento de “entrada de LaTeX Math” es esencialmente una pequeña aplicación Shiny que proporciona un cuadro de texto para ayudarle a escribir expresiones matemáticas de LaTeX (Figure 5.1). A medida que escribe, verá la vista previa de la expresión matemática y su código fuente LaTeX. Esto hará que sea mucho menos propenso a errores para escribir expresiones matemáticas — cuando se escribe una expresión matemática LaTeX sin previsualizar, es fácil cometer errores como X_ij cuando la intención era X_ {ij}, u omitiendo un paréntesis de cierre. Si ha seleccionado una expresión matemática de LaTeX en el editor RStudio antes de hacer clic en el complemento, la expresión se carga y representa en el cuadro de texto de forma automática. Este complemento fue construido con base en la biblioteca MathQuill (http://mathquill.com). No está destinado a proporcionar apoyo total a todos los comandos de látex para las expresiones matemáticas, sino que debe ayudarle a escribir algunas expresiones matemáticas comunes.

The RStudio addin to help input LaTeX math.

Figura: 5.1: The RStudio addin to help input LaTeX math.

También existen otros paquetes que proporcionan complementos de R para ayudarle al autor de libros. El paquete citr (Aust 2016) proporciona un complemento llamado “Insertar citas”, lo que resuelve fácilmente la inserción de citas en documentos de R Markdown. Este complemento analiza las bases de datos bibliográficas, y muestra todos las citas en un menú desplegable, para que se pueda elegir de la lista, recordando qué cita corresponde a qué elemento de la cita (figure 5.2).

The RStudio addin to help insert citations.

Figura: 5.2: The RStudio addin to help insert citations.

Referencias

Aust, Frederik. 2016. Citr: RStudio Add-in to Insert Markdown Citations. https://CRAN.R-project.org/package=citr.

  1. Este directorio tiene que ser un proyecto RStudio.↩